实时荧光聚合酶链式反应偶联高特异性核酸侵入反应检测单核苷酸多态性
郑梦琳等
摘 要 建立了实时荧光聚合酶链式反应（PCR）偶联高特性核酸侵入反应检测单核苷酸多态性（SNP）的方法。优化了体系中flap核酸内切酶1（FEN1酶）和野生型检测探针等用量，确定了最佳反应条件，即FEN1酶用量为1.5 U，野生型检测探针用量为0.125 μmol/L，0.5 μmol/L Invader突变型检测探针，各0.25 μmol/L通用野生型（VIC）和突变型（FAM）荧光共振转移发卡探针，显著降低了野生型样本和突变型样本背景信号，避免了背景信号对检测结果分型的干扰。采用本方法对编码乙醛脱氢酶2（ALDH2）基因ALDH2*2位点21例样本、细胞色素P450 2C19基因CYP2C19*2和CYP2C19*3位点各19例样本进行分型检测，结果表明， ALDH2*2位点GG纯合10例，GA杂合8例，AA纯合3例；CYP2C19*2位点GG纯合9例，GA杂合8例，AA纯合2例；CYP2C19*3位点GG纯合18例，GA杂合1例。使用焦磷酸测序进行验证，两种方法检测结果一致。本方法特异性好、操作简便、耗时短、成本低，可实现对SNP单管闭管无污染的分型检测。
关键词 实时荧光PCR； 核酸侵入反应； 单核苷酸多态性； 乙醛脱氢酶2基因； 细胞色素P450 2C19基因
摘 要 建立了实时荧光聚合酶链式反应（PCR）偶联高特性核酸侵入反应检测单核苷酸多态性（SNP）的方法。优化了体系中flap核酸内切酶1（FEN1酶）和野生型检测探针等用量，确定了最佳反应条件，即FEN1酶用量为1.5 U，野生型检测探针用量为0.125 μmol/L，0.5 μmol/L Invader突变型检测探针，各0.25 μmol/L通用野生型（VIC）和突变型（FAM）荧光共振转移发卡探针，显著降低了野生型样本和突变型样本背景信号，避免了背景信号对检测结果分型的干扰。采用本方法对编码乙醛脱氢酶2（ALDH2）基因ALDH2*2位点21例样本、细胞色素P450 2C19基因CYP2C19*2和CYP2C19*3位点各19例样本进行分型检测，结果表明， ALDH2*2位点GG纯合10例，GA杂合8例，AA纯合3例；CYP2C19*2位点GG纯合9例，GA杂合8例，AA纯合2例；CYP2C19*3位点GG纯合18例，GA杂合1例。使用焦磷酸测序进行验证，两种方法检测结果一致。本方法特异性好、操作简便、耗时短、成本低，可实现对SNP单管闭管无污染的分型检测。
关键词 实时荧光PCR； 核酸侵入反应； 单核苷酸多态性； 乙醛脱氢酶2基因； 细胞色素P450 2C19基因
