基于不同裂解液的蛋白质组样品制备方法的比较研究
孙宁宁 王子健 高祥 程欣 孙万春 杨静波 刘宁
摘 要 蛋白质组学研究所面临的首要问题就是蛋白质组的样品制备， 而不同的样品制备方案针对细胞、组织等样品的裂解能力， 以及对不同种类蛋白的溶解能力会有很大的差异。本研究以培养的293T细胞为对象， 利用质谱分析鉴定蛋白的方法， 比较了采用3种常用的蛋白质组样品制备方法（Triton X100法、尿素法和TRIzol法）所提取蛋白种类的差异， 并利用生物信息学工具对所得数据进行了分析。结果表明， Triton X100法和尿素法所提取蛋白的鉴定数目接近， 而TRIzol法所提取蛋白的鉴定数目比二者减少约8%。从所鉴定的蛋白种类来看， 3种方法相差较大， 仅约有32%的蛋白为3种方法所共有， 生物学功能也不尽相同。本研究为评价各种蛋白质组样品制备方法提供了一种快速、有效、全面的研究方法。
关键词 蛋白质组； 样品制备； 尿素； 曲拉通 X100； TRIzol； 液相色谱质谱联用
摘 要 蛋白质组学研究所面临的首要问题就是蛋白质组的样品制备， 而不同的样品制备方案针对细胞、组织等样品的裂解能力， 以及对不同种类蛋白的溶解能力会有很大的差异。本研究以培养的293T细胞为对象， 利用质谱分析鉴定蛋白的方法， 比较了采用3种常用的蛋白质组样品制备方法（Triton X100法、尿素法和TRIzol法）所提取蛋白种类的差异， 并利用生物信息学工具对所得数据进行了分析。结果表明， Triton X100法和尿素法所提取蛋白的鉴定数目接近， 而TRIzol法所提取蛋白的鉴定数目比二者减少约8%。从所鉴定的蛋白种类来看， 3种方法相差较大， 仅约有32%的蛋白为3种方法所共有， 生物学功能也不尽相同。本研究为评价各种蛋白质组样品制备方法提供了一种快速、有效、全面的研究方法。
关键词 蛋白质组； 样品制备； 尿素； 曲拉通 X100； TRIzol； 液相色谱质谱联用
