基于克隆测序技术的人类白细胞抗原基因高分辨率分型方法的建立

邢晓清 初亚男 项铮 宋沁馨 周国华
摘要运用优化的扩增和克隆测序技术,建立了人类白细胞抗原(HLAB)基因的高分辨率分型方法。针对HLAB基因保守区序列设计引物进行等位基因扩增,基于质粒不相容原理将杂合型等位基因有效克隆入质粒DNA中,经细菌培养后进行Sanger测序,根据测序结果经ClustalX2软件分析和IMTG/HLA数据库的BLAST比对即可完成HLAB基因的高分辨率分型。利用建立的方法对7例临床样本进行了HLAB基因分型,并且与第三方直接碱基序列分析基因分型技术(PCRSBT)进行比对,结果完全一致。本方法无需专业分型软件,准确度高,成本低;采用通用引物进行等位基因的扩增和测序,无需传统方法中繁琐的引物设计和过程优化,实现了HLAB基因的高分辨率分型。关键词人类白细胞抗原B基因; 克隆测序技术; Sanger测序; 高分辨率基因分型
1引言
人类白细胞抗原(Human leukocyte antigen,HLA)是由一系列紧密连锁的基因座位所组成的具有高度多态性的复合体,是机体免疫系统的重要组成部分,在机体的抗原呈递和免疫应答中发挥重要作用,与人类疾病的发生、发展和预后密切相关。HLAB基因位于6号染色体短臂6p21.3区域,该基因的多态性非常复杂且主要位于第2和第3号外显子,第2和第3号外显子的总长度约550 bp左右,目前已发现的近千种基因型绝大多数是基于第2和第3号外显子的多态性进行分型的。
摘要运用优化的扩增和克隆测序技术,建立了人类白细胞抗原(HLAB)基因的高分辨率分型方法。针对HLAB基因保守区序列设计引物进行等位基因扩增,基于质粒不相容原理将杂合型等位基因有效克隆入质粒DNA中,经细菌培养后进行Sanger测序,根据测序结果经ClustalX2软件分析和IMTG/HLA数据库的BLAST比对即可完成HLAB基因的高分辨率分型。利用建立的方法对7例临床样本进行了HLAB基因分型,并且与第三方直接碱基序列分析基因分型技术(PCRSBT)进行比对,结果完全一致。本方法无需专业分型软件,准确度高,成本低;采用通用引物进行等位基因的扩增和测序,无需传统方法中繁琐的引物设计和过程优化,实现了HLAB基因的高分辨率分型。关键词人类白细胞抗原B基因; 克隆测序技术; Sanger测序; 高分辨率基因分型
1引言
人类白细胞抗原(Human leukocyte antigen,HLA)是由一系列紧密连锁的基因座位所组成的具有高度多态性的复合体,是机体免疫系统的重要组成部分,在机体的抗原呈递和免疫应答中发挥重要作用,与人类疾病的发生、发展和预后密切相关。HLAB基因位于6号染色体短臂6p21.3区域,该基因的多态性非常复杂且主要位于第2和第3号外显子,第2和第3号外显子的总长度约550 bp左右,目前已发现的近千种基因型绝大多数是基于第2和第3号外显子的多态性进行分型的。
摘要运用优化的扩增和克隆测序技术,建立了人类白细胞抗原(HLAB)基因的高分辨率分型方法。针对HLAB基因保守区序列设计引物进行等位基因扩增,基于质粒不相容原理将杂合型等位基因有效克隆入质粒DNA中,经细菌培养后进行Sanger测序,根据测序结果经ClustalX2软件分析和IMTG/HLA数据库的BLAST比对即可完成HLAB基因的高分辨率分型。利用建立的方法对7例临床样本进行了HLAB基因分型,并且与第三方直接碱基序列分析基因分型技术(PCRSBT)进行比对,结果完全一致。本方法无需专业分型软件,准确度高,成本低;采用通用引物进行等位基因的扩增和测序,无需传统方法中繁琐的引物设计和过程优化,实现了HLAB基因的高分辨率分型。关键词人类白细胞抗原B基因; 克隆测序技术; Sanger测序; 高分辨率基因分型
1引言
人类白细胞抗原(Human leukocyte antigen,HLA)是由一系列紧密连锁的基因座位所组成的具有高度多态性的复合体,是机体免疫系统的重要组成部分,在机体的抗原呈递和免疫应答中发挥重要作用,与人类疾病的发生、发展和预后密切相关。HLAB基因位于6号染色体短臂6p21.3区域,该基因的多态性非常复杂且主要位于第2和第3号外显子,第2和第3号外显子的总长度约550 bp左右,目前已发现的近千种基因型绝大多数是基于第2和第3号外显子的多态性进行分型的。
相关文章!
  • 改进演示实验,提高演示实验教

    曹雪梅众所周知,化学是以实验为基础的学科.实验是化学的灵魂,也是提高学生学习兴趣的主要因素.教学实践证明,化学实验教学可以让学生

  • 素质教育在中职教育中的重要性

    杨天摘要:进入21世纪之后,素质教育已经成为全社会非常关注的一个重要话题。而在职业教育中,许多学生和家长错误的认为职业教育的本质就

  • 质谱法测定水中溶解氙的含量及

    李军杰+刘汉彬 张佳+韩娟+金贵善+张建锋<br />
    <br />
    <br />
    <br />
    摘要 利用设计的一套水样中提取并分离Xe的装置,与稀有气体质谱