| 标题 | 生物医学领域预印本的现状与发展 |
| 范文 | 秦文珍+肖琼 作者简介：秦文珍（１９７６－），女，馆员，学士，研究方向：图书期刊情报与信息管理。·业务研究· 〔摘要〕作为目前学术研究最活跃的生物医学领域，其预印本在最近才有所突破性发展。按照创办时间顺序，详细介绍了国际上三大生物医学预印本系统：arXiv数量生物学预印本、PeerJ预印本和bioRxiv预印本。在对它们进行系统比较分析的基础上，对生物医学预印本的未来发展进行了展望。 〔关键词〕预印本；生物医学；数量生物学；PeerJ预印本；bioRxiv预印本 ＤＯＩ：１０．３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００８－０８２１．２０１４．０４．０３２ 〔中图分类号〕Ｇ２５５２〔文献标识码〕Ｂ〔文章编号〕１００８－０８２１（２０１４）０４－０１４２－０４ The Current Situation and Development of Preprints in Biology and Medicine Science FieldQin WenzhenXiao Qiong （Library，Chongqing University of Posts and Telecommucations，Chongqing 400065，China） 〔Ａｂｓｔｒａｃｔ〕Biology and medicine science are the most active academic research filed;however,the dramatic development of its preprints was achieved in recent years.Three international preprint systems,such as arXiv quantative biology,PeerJ and bioRxiv preprints,in biology and medicine science field were introduced in detail according to their founding time.On the basis of the comparative analysis of the current three preprint systems,the development of the biomedicine preprints in the future was forecasted. 〔Ｋｅｙｗｏｒｄｓ〕preprint;biomedicine;quantative biology;PeerJ preprint;bioRxiv preprint 预印本由英文preprint（前缀pre-和print组合形成）翻译而来。预印本指“科研工作者的研究成果还未在正式出版物上发表，而出于与同行进行交流的目的，自愿先在学术会议或者通过互联网发布的科研论文、科技报告等文章”［１］。简单的说，预印本就是指论文完成之后，还没有经过同行评审时的那个版本。与预印本相反，经过同行评审，多次校对并已经正式发表的论文则称为后印本后印本（postprint）。预印本系统则是专门收集预印本的一种网络数据库，科研人员自愿向其提交自己没有经过同行评议的科研论文，同行可以对系统中的预印本内容进行评价［２］。 上世纪90年代，计算机网络技术的发展为预印本的出现和成长提供了外部条件。同时由于传统形式的科学出版物评审和出版周期相对较长，这种滞后的出版体制促成了预印本作为交流系统时效性一种平衡机制的发展，从而很快成为一种重要信息源汇入网络学术信息流中。今天信息时代的预印本改变了传统学术交流的理念与模式，引起了人们的高度关注。目前，预印本现在已经延伸到各个学科，继天文学、物理学、计算机科学、数学、化学之后，人文科学和社会科学也出现了预印本库。生物医学作为目前学术研究最活跃的领域，每年发表的论文数量占所有论文中的比例最高。物理学、数学和社会学有自己的预印文本发表网站，然而生物医学一直没有这样的形式。作为自然科学重要组成的生物医学领域的预印本状况直至今年才所有改观，但必将很快得到飞速发展。 １arXiv数量生物学预印本 1991年8月美国国家科学基金会和能源部资助洛斯阿拉莫斯国家实验室（Los Alamos National Laboratory）建立了arXiv预印本系统。目前它已经成为世界上建立最早、规模最大、建设最成功的预印本系统，是其它学科型预印本系统的典范［２］。arXiv系统收集包括物理、数学、计算科学、定量财务、数量生物学以及统计学等六大类学科领域预印本，其中物理学学科所收集的论文最多［３］。 2003年9月arXiv系统开始设立数量生物学子系统，是有关生物科学最早的预印本系统。arXiv系统开始设立数量生物学子系统，主要是当时越来越多来自物理学、数学和计算机科学的研究者从事生物进化的研究，这些研究使得生物科学研究定量化，因此在以物理学为主的arXiv系统中设立了数量生物学子系统。arXiv数量生物学预印本系统收集包括生物分子、基因组学、分子网络、亚细胞加工过程、细胞行为、神经元和认知、组织和器官、群体和进化、数量生物学方法等领域的论文［４］。arXiv系统数量生物学学科的论文在最近2年有了飞速发展，如2011年收集的论文为767篇，2012增加到1 058篇，2013年仅前11月就增加到1 423篇，年递增幅度超过30%（图１）［５］。2013年预计收集的论文超过1 500篇，并且在收集的论文中，有的已在生物学国际顶尖期刊，如自然通讯（Nature Communications）、科学公共图书馆生物学（PLoS Biology）发表［６］。虽然相对于arXiv系统中的天体物理学和高能物理学的论文数，数量生物学的论文虽然仅占一小部分，但其年增加率在近年超过了天体物理学和高能物理学领域，让遗传学家看到了arXiv发展的巨大潜力［７］。尽管如此，arXiv系统数量生物学发布的预印本主要来自基于基因组数据开展研究的生物学家的研究论文，arXiv并没有打算扩展到更多的生物学领域。 图１arXiv系统数量生物学论文统计（2003年的论文为9～12月收集的论文，2013年的论文仅为1～11月收集的论文） ２PeerJ预印本 2012年6月，为了降低开放存取期刊的发表费用，被誉为开放存取期刊航母的PLoS ONE的原出版人Peter Binfield和Mendeley研发部前首席科学家Jason Hoyt创办了主要领域为生物学和医学的开放获取期刊PeerJ。PeerJ采用“一次付费，终生出版”的模式，即用户仅需一次支付会员费用，便可以享受终生免费出版的权利［８］。PeerJ有PeerJ正式期刊（以下简称PeerJ期刊）和PeerJ预印本（PeerJ PrePrints）两种出版物。PeerJ期刊是一种开放获取、同行评议的学术期刊，采用会员付费模式，并于2012年12月正式出版了第一期。2013年4月PeerJ预印本建立，它是一种类似于arXivorg的预印本服务，包括“公共预印本”（“public pre-print”）和“私人预印本”（“private pre-prints”）两种类型。尽管PeerJ预印本有2种类型，但一般都被默认为对所有读者开放的“公共预印本”［８］。作者可以对PeerJ“公共预印本”论文内容的开放程度和开放对象进行隐私设置，如开放内容可以是论文的标题、标题与摘要或者全部草稿；开放对象可以是选定的同事、PeerJ任何成员或者所有读者［９］。PeerJ预印本不同于arXiv系统，前者收集生物科学、医学和健康科学的论文，而不涉及物理、数学等其他自然学科［１０］。arXiv系统涉及的生物学科主要是数量生物学，而PeerJ预印本包括生物学科、医学的各个领域，范围非常广泛而具体，例如生物科学罗列了40个学科，医学科学更是列举了48个学科［１１］。从今年4月到11月，PeerJ预印本已经收集了129篇论文［１２］。起初，PeerJ采取一次支付会员费用，便可以享受终生免费出版的权利。对于PeerJ预印本，各类型的PeerJ会员可以提交没有数量限制的公共预印本，但对于“基本计划”的PeerJ会员每年只能在PeerJ期刊上免费发表1篇文章［８］。为了避免会员顾虑在PeerJ期刊上免费发表论文数量限制而影响其提交PeerJ预印本以及在更好促进学术交流，从2013年11月11日起，任何作者都可以无限量免费在其预印本网站发表预印本［１３］。 ３bioRxiv预印本 作为一个收集物理学、数学、计算机科学与数量生物学等学科论文预印本的arXiv已经存在了20多年，是科学家分享论文草稿的主要平台。然而作为目前学术研究最活跃的生物科学领域一直没有这样的预印本文献库模式，arXiv也并没有拓展到其他生物学如分子和细胞生物学领域的计划，因此arXiv对大多数生物学研究者并没有影响。不仅是生物科学研究者，而且生物期刊出版者也希望生物科学有自己的预印本［１４］。2003年11月11日，世界知名的非营利机构美国冷泉港实验室（Cold Spring Harbor Laboratory，CSHL）效仿arXiv启动了BioRxiv，旨在将BioRxiv打造为生物学家专有的预印本文献库［６］。BioRxiv的目标是，加速研究传播，并在科学家的论文正式开始同行评议前，使其获得论文反馈的机会。BioRxiv并不是与arXiv竞争，而是对arXiv的有效补充［６］。 BioRxiv并不是一个新概念。14年前，当时的美国国立卫生研究院主管Harold Varmus提出，应该为生物学论文建立一个预印本服务器［１４］。BioRxiv咨询委员会由15名成员组成，包括arXiv创建者Paul Ginsparg和Anurag Acharya、谷歌学术搜索的共同创立者等。在BioRxiv上，提交文章和阅读文章都是免费的。尽管任何人都能在BioRxiv上提交论文，但不是任何文章都能发表。超过40名相关科学家家已经同意对文章进行筛选，以确保BioRxiv的专业性和科学性。 BioRxiv只针对生命科学领域，而不涉及医药学。因此，临床试验和其他与医药学相关的研究将无法发表。不过，人类基因数据是一个例外。如果物理学、数学和社会科学与生命科学有直接关联的论文也可以向BioRxiv提交。BioRxiv覆盖生物科学的各个领域，包括23个具体研究领域，向其提交论文必需归属到具体研究领域［１５］。BioRxiv的论文按照结果分为新结果（New Results）、证实结果（Confirmatory Results）和相反结果（Contradictory Results）等3类，作者提交论文时必需指明其中的一种类型［１６］。截止到11月底仅20天的时间，BioRxiv接受的论文就达59篇，涵盖其指定的23个生命科学领域中的16个［１７］。 ４生物医学预印本系统的比较分析 与开放获取发表论文不同，预印本论文仍可以在其他杂志上发表。惟一重要的是可以作为提前进行有效学术交流的一种途径，可以让作者提前接受读者的评论，能有效提高论文质量和交流效果，极大地提高学术交流的时效性，显然也能成为发表优先权的一个重要证据。尽管10年前世界上目前最大的arXiv预印本开始发表数量生物学的论文，但由于其没有拓展到其他更加广泛的生物医学领域，并没有引起更多生物医学研究者的关注。今年PeerJ和bioRxiv预印本系统先后创建，这对生物医学领域的学者来说无疑是一个非常重要的好消息。究其原因在于：（1）与arXiv相比，PeerJ和bioRxiv涉及的生物医学领域更多的学科，更加专业具体；（2）与arXiv相比，PeerJ和bioRxiv的咨询委员会成员和合作单位、编辑来自更加知名、广泛的生物医学领域，为其发展提供更加科学的指导，为其论文质量控制把关。如PeerJ已经有800多位世界级学术编辑，bioRxiv的15位咨询委员会成员绝大多数来自世界顶级大学和研究机构［１５］。 与arXiv一样，PeerJ和bioRxiv都是采取免费发表的方式，但它们在在开放程度上是有所不同的：arXiv和PeerJ采用CC-BY完全共享协议，是完全开放获取的；而bioRxiv为作者提供了不同的开放协议，包括一些很受限制的协议，如CC-BY-NC、CC-BY-ND、CC-BY-NC-ND等（表１）。此外，在运行模式上，PeerJ和bioRxiv采取集中模式，而arXiv采取集中和镜像并存模式，目前arXiv设有9个镜像站点［１８］。PeerJ与bioRxiv相比较，至少有3方面有所不同：（1）内容的开放程度：PeerJ预印本采用完全开放获取的CC-BY共享协议；而bioRxiv为作者提供了一些受限的不同的开放协议，包括CC-BY-NC、CC-BY-ND、CC-BY-NC-ND等。（2）学科覆盖的范围：bioRxiv涵盖生物科学的分支领域；而PeerJ PrePrints涵盖了生物科学、医学和健康科学的领域。（3）PeerJ PrePrints另一个特色是它跟母刊PeerJ期刊有机的结合，作者可以很方便的将发布的预印本投稿到PeerJ期刊，有助于论文的整个出版流程。 表１国际生物医学预印本系统比较表 预印本创建时间学科领域提交途径质量控制运行模式知识共享协议arXiv2003年9月数量生物学www界面相对严格集中和镜像模式CC-BYPeerJ2013年4月生物学科、医学 和健康科学www界面相对更专业集中模式CC-BYbioRxiv2013年11月生物科学www界面相对更专业集中模式CC-BY、CC-BY-NC、 CC-BY-ND、CC-BY-ND注：BY（署名）、BY-NC（署名-非商业性）、BY-ND（署名-禁止演绎）、BY-NC-ND（署名-非商业性-禁止演绎）５展望 生物科学领域每年发表的论文数量在所有论文中的比例最高，是目前学术研究最活跃的科学领域，然而直到今年才出现PeerJ和bioRxiv 2大国际预印本系统，并没有像物理学、数学等其他学科有影响力非常强大的预印本系统，诸如arXiv预印本系统。究其原因是多方面的：（1）生物医学研究结果的商业应用潜力使得研究者不愿意以预印本形式提前发表；（2）读者对研究结果的不熟知可能会影响公共健康实践，因此研究者不会轻易将研究结果公布在没有非常严格审查的预印本系统中；（3）最重要的原因也许在目前生物医学期刊的影响力过于强大，期刊名成为论文质量的代言人。例如生物医学研究者在国际自然科学3大顶尖期刊Nature（自然）、Science（科学）和Cell（细胞）上发表论文，将会改变他们在生物医学领域中的职业生涯，而物理研究者却是并不能如此。虽然Nature在其作者指南说，作者发布预印本不影响在Nature系列期刊投稿，但是Science很多时候并不鼓励作者提前发布预印本，认为会影响文章（正式发表前）的原创性，更为严重的是Cell及其子刊不支持预印本发布。因此，生物医学研究中的重要创新研究结果一般不会以预印本形式提前公布。现在PeerJ和bioRxiv 2大国际预印本系统先后创建，并将对目前生物医学领域的学术交流模式产生重要影响，尤其是bioRxiv系统是美国知名的非营利生物医学机构——美国冷泉港实验室由创办，凭借其影响力必将产生更大的作用。然而这种影响显然需要一个过程，因为目前的生物医学期刊，尤其是近年的开放存取期刊的影响确实太大。例如开放存取期刊“航母”PLoS ONE 2013年发表的论文将超过3万篇，约是国际科学引文索引（SCI）数据库年度发文数量的3%，而且其论文发表费下调至1 350美元，并且现在PLOS正在探索新的出版模式，试图完全采用先发表后同行评价模式［１９］。这种模式和预印本模式已经非常接近，不同的是预印本模式是在正式发表前进行交流，而这种新的模式是先发表后评价，共同的特征是将发表和评价脱钩，这确实是对当前学术出版的重要改革。 虽然PeerJ预印本比bioRxiv早半年创办，由于其归属于营利性质的开放获取期刊PeerJ，因此截至目前其收集的预印本数量也并没有明显比bioRxiv多，可以预见将来会更多的预印本出现在bioRxiv系统中，bioRxiv必将成为生物医学预印本的领头羊。 参考文献 ［１］吕世炅.预印本系统:国际学术交流的重要平台［Ｊ］.情报学报,2004,23（5）:547-552. ［２］刘靖,陶蕾,俎宇鹏.国外三大预印本系统对比研究［Ｊ］.中国索引,2008,6（3）:56-58. ［３］王微,张琳,李滨序.arXiv发展与服务介绍［Ｊ］.农业图书情报学刊,2013,25（2）:36-39. ［４］Arxiv.Categories within Quantitative Biology［ＥＢ］.http:∥arxiv.org/archive/q-bio，2013-11-25. ［５］Arxiv.Submission statistics［ＥＢ］.http:∥arxiv.org/archive/q-bio，2013-11-30. ［６］Callaway E.Preprints come to life［Ｊ］.Nature,2013,503（7475）:180. ［７］Callaway E.Geneticists eye the potential of arXiv［Ｊ］.Nature,2012,488（7409）:19. ［８］崔剑颖,郑建程,尹高磊.开放获取期刊PeerJ的终身会员制研究［Ｊ］.图书馆建设,2013,（4）:80-83. ［９］PeerJ.What are‘publicand‘privatepreprints［ＥＢ］.https:∥peerj.com/about/FAQ/#public-vs-private，2013-11-25. ［１０］PeerJ.Peerj prints Scope & Instructions［ＥＢ］.https:∥peerj.com/about/preprints/scope-and-instructions/，2013-11-25. ［１１］PeerJ.PeerJ subject areas［ＥＢ］.https:∥peerj.com/academic-boards/subjects/，2013-11-25. ［１２］PeerJ.Publish date-articles［ＥＢ］.https:∥peerj.com/preprints/，2013-11-30. ［１３］PeerJ.Announcement-All authors can now publish unlimited PeerJ PrePrints for free［ＥＢ］.http:∥blog.peerj.com/post/66681668539/peerj-preprints-now-free-to-all，2013-11-25. ［１４］Callaway E.Biomedical journal and publisher hope to bring preprints to life［Ｊ］.Nat Med,2013,19（5）:512. ［１５］BioRxiv.About bioRxiv［ＥＢ］.http:∥biorx iv.org/about-biorxiv，2013-11-25. ［１６］BioRxiv.Submission guide article categories［ＥＢ］.http:∥biorxiv.org/submit-a-manuscript，2013-11-25. ［１７］BioRxiv.Subject areas all article［ＥＢ］.http:∥biorxiv.org/search，2013-11-30. ［１８］arXiv.arXiv mirror sites［ＥＢ］.http:∥arxiv.org/help/mirrors，2013-11-25. ［１９］Van Noorden R.PLOS profits prompt revamp［Ｊ］.Nature,2013,503（7476）:320-321. （本文责任编辑：马卓） |
| 随便看 |
|
科学优质学术资源、百科知识分享平台，免费提供知识科普、生活经验分享、中外学术论文、各类范文、学术文献、教学资料、学术期刊、会议、报纸、杂志、工具书等各类资源检索、在线阅读和软件app下载服务。