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标题 三疣梭子蟹肠道菌群结构及代谢表型分析
范文 曾廷兰+叶央芳+母昌考+王凯+李荣华+王春琳



摘 要 建立16S rRNA基因的高通量测序和基于核磁共振(NMR)的代谢组学技术分析三疣梭子蟹肠道菌群结构及代谢物组成的方法。经对梭子蟹肠道样品提取基因组DNA和16 S rRNA基因的V3V4可变区片段的扩增,产物用于MiSeq测序。经对测序结果进行聚类和注释分析,发现梭子蟹肠道的细菌群落结构以变形杆菌门、拟杆菌门、梭杆菌门、软壁菌门和酸杆菌门为主,其中以发光杆菌属、Paludibacter和产丙酸菌属的细菌丰度最高。梭子蟹肠道样品经组织破碎、甲醇水(2∶1, V/V)提取、高速离心和冷冻干燥后,重悬在钠钾磷酸盐缓冲液中,用于NMR分析。采用标准的Noesypr1D脉冲序列采集1H NMR谱,设置90°脉冲宽度约为10 μs,等待时间为2 s,混合时间为100 ms,谱宽为20 ppm, 采样点数为32 K,自由感应衰减累加次数为64。再利用2D NMR谱对肠道代谢物进行归属,共获得包括氨基酸、有机羧酸和有机胺类等30种代谢产物。本方法可用于系统分析梭子蟹肠道菌群及其代谢物组成。
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更新时间:2025/3/10 17:38:06